KUIS V-CLASS PG JARINGAN KOMPUTER LANJUT (2)

NAMA : LUKMAN AZIZ
KELAS : 4IA16
NPM : 54410073
MATA KULIAH : JARINGAN KOMPUTER LANJUT
DOSEN : M. ACHSAN ISA AL ANSHORI, SKOM., MMSI

1. Service yang cara kerjanya mirip dengan mengirim surat adalah :
a. Connection Oriented
b. Connectionless Oriented
c. Semua jawaban benar
d. Semua jawaban salah

2. Nama lain untuk Statistical Time Division Multiplexing (TDM) adalah :
a. Non-Intelligent TDM
b. Synchronous TDM
c. Asynchromous TDM
d. Semua jawaban benar

3. Hubungan laju transmisi data dengan lebar pita saluran transmisi adalah :
a. Laju transmisi naik jika lebar pita berkuran.
b. Laju transmisi naik jika lebar pita bertambah.
c. Laju transmisi tidak bergantung pada lebar pita.
d. Semua jawaban salah.

4. Teknik encoding Bipolar-AMI dan Pseudoternary termasuk dalam teknik :
a. Multilevel Binary
b. NRZ
c. Biphase
d. Manchester

5. Jika dua frame ditransmisikan secara serentak maka akan menyebabkan terjadinya
tubruklan. Kejadian ini dalam jaringan dikenal dengan istilah :
a. Contention
b. Collision
c. Crash
d. Jabber

6. Salah satu protocol CSMA yang tidak terus menerus mendengarkan channel adalah :
a. 1-persistent
b. p-persistent
c. Nonpersistent
d. CSMA/CD

7. Salah satu protocol yang bebas dari tubrukan adalah :
a. Bit-Map
b. CSMA
c. Carrier Sense
d. ALOHA

8. Selective Repeater merupakan istilah lain dari :
a. Router
b. Bridge
c. Gateway
d. Repeater

9. Dalam pemeliharaan ring logis 802.4, frame kontrol yang bertugas untuk mengijinkan suatu
stasiun untuk meninggalkan ring adalah :
a. Claim_token
b. Who_follows
c. Token
d. Set_Successor

10. Algoritma yang digunakan untuk menghindari kemacetan adalah :
a. Broadcast Routing
b. Flow Control
c. Optimal Routing
d. Flooding Routing

11. Algoritma routing yang menggunakan informasi yang dikumpulkan dari subnet secara
keseluruhan agar keputusannya optimal adalah :
a. Algoritma Global
b. Algoritma Lokal
c. Algoritma Terisolasi
d. Algoritma Terdistribusi

12. Keuntungan multiplexing adalah :
a. Komputer host hanya memerlukan satu I/O port untuk satu terminal
b. Komputer host hanya memerlukan satu I/O port untuk banyak terminal
c. Komputer host memerlukan banyak I/O port untuk banyak terminal
d. Komputer host memerlukan banyak I/O port untuk satu terminal

13. Jenis kabel UTP digunakan untuk jaringan Ethernet :
a. 10Base2
b. 10Base5
c. 10BaseT
d. Semua jawaban benar

14. Suatu algoritma routing yang tidak mendasarkan keputusan routingnya pada kondisi
topologi dan lalulintas saat itu adalah :
a. Non adaptive
b. Adaptive
c. RCC
d. Hot potato

15. Data/message yang belum dienkripsi disebut dengan :
a. Plaintext
b. Ciphertext
c. Auntext
d. Choke Packet

16. Algoritma Kontrol Kemacetan yang menjaga jumlah paket tetap konstan dengan menggunakan
permmits yang bersirkulasi dalam subnet adalah :
a. Kontrol Arus
b. Kontrol Isarithmic
c. Pra Alokasi Buffer
d. Choke Packet

17. Sekumpulan aturan yang menentukan operasi unit-unit fungsional untuk mencapai
komunikasi antar dua entitas yang berbeda adalah :
a. Sintaks
b. Timing
c. Protokol
d. Routing

18. Algoritma yang digunakan oleh transparent bridge adalah :
a. RCC
b. Backward Learning
c. Flooding
d. Shortest path

19. Dalam model OSI internetworking membagi lapisan network menjadi beberapa bagian, kecuali
a. Intranet sublayer
b. Access sublayer
c. Internet sublayer
d. Enhanchement sublayer

20. Teknik time domain reflectometry digunakan pada standard IEEE:
a. 802.2
b. 802.3
c. 802.4
d. 802.5

21. Suatu cara yang mempunyai kemampuan untuk menyedian privacy, authenticity, integrity
dan pengamanan data adalah :
a. Enkripsi
b. Antisipasi
c. Deskripsi
d. Semua jawaban salah

22. Tujuan adanya jaringan komputer adalah…..
a. Resource sharing
b. Penghematan biaya
c. High reability
d. Semua jawaban benar

23. Mengontrol suapaya tidak terjadi deadlock merupakan fungsi dari lapisan :
a. Network Layer
b. Session Layer
c. Data link Layer
d. Application Layer

24. Frame yang terjadi apabila suatu stasiun mentransmisikan frame pendek kejalur ring yang
panjang dan bertubrukan atau dimatikan sebelum frame tersebut dikeluarkan. Frame ini
disebut dengan istilah :
a. Orphan
b. Beacon
c. Pure
d. Semua jawaban salah

25. Wire center digunakan pada standar :
a. 802.2
b. 802.3
c. 802.4
d. 802.5

26. Komponen dasar model komunikasi adalah :
a. Sumber
b. Tujuan
c. Media
d. Semua benar

27. Di bawah ini termasuk Broadcast network :
a. Circuit Switching
b. Paket Switching
c. Satelit
d. Semi Paket Switching

28. Paket radio termasuk golongan :
a. Broadcast
b. Switched
c. Publik
d. Semua benar

29. Di bawah ini termasuk guided media :
a. UTP
b. Coaxial
c. Fiber Optik
d. Semua benar

30. Modul transmisi yang sifatnya searah adalah :
a. PageR
b. Simpleks
c. TV
d. Semua benar

KUIS V-CLASS ESSAY JARINGAN KOMPUTER LANJUT (1)

NAMA : LUKMAN AZIZ
KELAS : 4IA16
NPM : 54410073
MATA KULIAH : JARINGAN KOMPUTER LANJUT
DOSEN : M. ACHSAN ISA AL ANSHORI, SKOM., MMSI

1. Apakah dimaksud dengan komunikasi broadband ?
Komunikasi broadband adalah komunikasi data yang memiliki kecepatan tinggi, kapasitas tinggi dengan rentang kecepatan layanan bervariasei dari 128 Kbps sampai dengan 100Mbps menggunakan perangkat diantaranya :
- DSL
- Fiber Optic
- W-LAN
- V-SAT
Sedangkan broadband itu sendiri adalah layanan telekomuniakasi nirkabel yang memiliki kemampuan kapasitas di atas kecepatan data primer 2 Mbps. Berikut ini beberapa faKtor broadband, diantaranya :
a.Untuk Pemerintah
-Sebagai infrastruktur penting untuk mencapai tujuan pemerintah dalam bidang sosio-ekonomi
-Mendorong penyediaan layanan public seperti E-Goverment dan E-Learning
b.Untuk Penyedia Jasa Telekomunikasi dan atau Jaringan
-Pilihan untuk mengurangi penurunan pendapatan dari teknologi lama (POTS/PSTN)
-Potensi tambahan pendapatan dari Layanan Nilai Tambah
-Potensi penambahan secara eksponensial dalam ARPU
c.Untuk Konsumen
-Tersedianya rentang aplikasi yang lebih banyak dan lebih kaya
-Akses yang cepat terhadap informasi
-Layanan yang semakin mengarah konvergensi (VOIP, Video on Demand)

2. Sebutkan keuntungan SONET !
Synchronous optical network (SONET) menawarkan biaya transport yang efektif pada jaringan akses dan jaringan inti/core. Lapisan optic menyediakan layanan transport untuk aplikasi jarak jauh dan secara langsung men-support layanan data. Keuntungan SONET adalah dapat memberikan fungsionalitas yang bagus baik pada jaringan kecil, medium, maupun besar.
•Collector rings menyediakan interface ke seluruh aplikasi, termasuk local office, PABX,
access multiplexer, BTS, dan terminal ATM.
•Manejemen bandwith berfungsi untuk proses routing, dan manajemen trafik.
•Jaringan backbone berfungsi menyediakan konektifitas untuk jaringan jarak jauh.

3. Jelaskan prinsip kerja dari ATM !
-Pada ATM, informasi dikirim dalam blok data dengan panjang tetap yang disebut sel. Sel merupakan unit dari
switching dan transmisi.
-Untuk mendukung layanan dengan rate yang beragam, maka pada selang waktu tertentu dapat dikirimkan sel dengan
jumlah sesuai dengan rate-nya.
-Sebuah sel terdiri atas information field yang berisi informasi pemakai dan sebuah header.
-Informasi field dikirim dengan transparan oleh jaringan ATM dan tak ada proses yang dikenakan padanya oleh
jaringan.
-Urutan sel dijaga oleh jaringan, dan sel diterima dengan urutan yang sama seperti pada waktu kirim.
-Header berisi label yang melambangkan informasi jaringan seperti addressing dan routing.
-Dikatakan merupakan kombinasi dari konsep circuit dan packet switching, karena ATM memakai konsep connection
oriented dan mengggunakan konsep paket berupa sel.
-Setiap hubungan mempunyai kapasitas transfer (bandwidth) yang ditentukan sesuai dengan permintaan pemakai,
asalkan kapasitas atau resource-nya tersedia.
-Dengan resource yang sama, jaringan mampu atau dapat membawa beban yang lebih banyak karena jaringan mempunyai
kemampuan statistical multiplexing.

4. Apakah yang dimaksud dengan DSL?
DSL adalah Teknologi akses yang menggunakan saluran kabel tembaga eksisting untuk layanan broadband. DSL (Digital Subcriber Line), kadang disebut juga dengan xDSL. Dimana “x” berarti tipe / jenis teknologi, yaitu : HDSL, ADSL, IDSL, SDSL, VDSL, dan lain sebagainya.
x-DSL mampu membawa informasi suara dan data (termasuk gambar/video) , untuk data dengan kecepatan bervariasi (32Kbps s/d 8 Mbps). Karena menggunakan kabel telepon, maka x-DSL menyediakan bandwidth frekwensi secara dedicated (no-share bandwidth). x-DSL mempunyai Bite Rate yang tinggi (asymetric dan symetric). x-DSL menggunakan aplikasi Mode IP dan ATM. x-DSL mudah instalasi dan langsung dapat dipakai.

SUMBER JAWABAN :
1.http://www.google.co.id/#hl=id&source=hp&biw=1360&bih=615&q=keuntungan+SONET&aq=f&aqi=&aql=&oq=&gs_rfai=&
fp=1&cad=b
2. http://teorick.blogspot.com/2012/10/cara-kerja-atm-asynchronustransfer-mode.html
3.https://docs.google.com/presentation/d/1sLCKLDef9hyrldP7gkhNGkNPRSRrZtIucAj7lY7gWrA/export
/pptx?id=1sLCKLDef9hyrldP7gkhNGkNPRSRrZtIucAj7lY7gWrA&pageid=p9

Cyber Crime

Cybercrime berasal dari dua kata yaitu “Cyber” yang artinya  “dunia maya” dan “Crime” yang artinya “kejahatan”. Secara  bahasa,  “Cybercrime”  adalah  bentuk kejahatan yang dilakukan di dunia maya. Cybercrime adalah tindak kriminal yang dilakukan dengan menggunakan teknologi komputer sebagai alat kejahatan utama. Cybercrime merupakan kejahatan yang memanfaatkan perkembangan teknologi computer khusunya internet. Cybercrime didefinisikan sebagai perbuatan melanggar hukum yang memanfaatkan teknologi komputer yang berbasis pada kecanggihan perkembangan teknologi internet. cybercrime  adalah  perbuatan melawan  hukum yang  dilakukan  dengan memakai  jaringan  komputer  sebagai  sarana/alat atau komputer sebagai objek, baik untuk memperoleh  keuntungan  ataupun  tidak, dengan merugikan pihak lain.

Menurut  Eoghan  Casey,  cybercrime  dibagi menjadi 4 golongan :

1.  a computer can be the object of crime yaitu komputer dapat menjadi satu objek dari kejahatan.

2. a computer can be a subject of crime yaitu computer dapat menjadi subjek dari suatu kejahatan.

3. The  computer  can  be  used  as  the  tool  for conducting or planning a crime yaitu Komputer dapat digunakan sebagai alat untuk melakukan atau merencanakan suatu kejahatan.

4.  The symbol of the computer itself can be used to intimidate or deceive yaitu komputer bisa dijadikan alat untuk mengintimidasi atau menipu oranglain.

Jenis – Jenis Cybercrime

·      Unauthorized Access to Computer System and Service.

Kejahatan  yang  dilakukan  dengan memasuki/menyusup  ke  dalam  suatu  sistem jaringan  komputer  secara  tidak  sah,  tanpa  izin atau tanpa sepengetahuan dari pemilik jaringan komputer yang dimasukinya.

·      Illegal Contents

Kejahatan  dengan  memasukkan data atau informasi ke Internet tentang sesuatu hal  yang  tidak  benar,  tidak  etis,  dan  dapat dianggap melanggar  hukum  atau mengganggu ketertiban umum.

·      Data Forgery

Kejahatan  dengan  memalsukan data  pada  dokumen-dokumen  penting  yang tersimpan  sebagai  scripless document   melalui Internet.

·      Cyber Espionage

Kejahatan  yang  memanfaatkan jaringan  Internet  untuk  melakukan  kegiatan mata-mata  terhadap  pihak  lain,  dengan memasuki sistem  jaringan komputer  (computer network system) pihak sasaran.

·      Cyber Sabotage and Extortion

Kejahatan  ini  dilakukan  dengan  membuat  gangguan,  perusakan  atau  penghancuran terhadap  suatu  data,  program  komputer  atau sistem  jaringan  komputer  yang  terhubung dengan Internet.

·      Offense against Intellectual Property

Kejahatan  ini  ditujukan  terhadap  hak  atas kekayaan  intelektual yang dimiliki pihak  lain di Internet.

·      Infringements of Privacy

Kejahatan  ini  biasanya  ditujukan  terhadap keterangan  pribadi  seseorang  yang  tersimpan pada  formulir  data  pribadi  yang  tersimpan secara  computerized,  yang  apabila  diketahui oleh  orang  lain maka  dapat merugikan  korban secara materil maupun immaterial

·      Cyberstalking

Kejahatan  ini  dilakukan  untuk  mengganggu atau  melecehkan  seseorang  dengan memanfaatkan  komputer,  misalnya  dengan mengirimkan e-mail berulang-ulang.

·      Carding

Kejahatan  yg  dilakukan  untuk mencuri  nomor  kartu  kredit  milik  orang  lain dan digunakan untuk bertransaksi di internet.

Upaya Pencegahan Cybercrime

·      Personil yaitu  memperbanyak  personil  polisi  yang bergerak  khusus  dalam  menangani  kasus-kasus cybercrime.

·      Sarana & Prasarana yaitu memperbanyak  sarana  yang  digunakan dalam penyelidikan kasus.

·      Pelatihan “Internet Sehat” yaitu pelatihan yang diberikan kepada anak-anak  dan  remaja,  yang menjelaskan  kegunaan serta kegiatan positif di internet.

·      Memblokir situs-situs pornografi/perjudian yaitu cara  menutup  akses  ke  situs-situs tersebut.

·      Mengawasi  anak  secara  langsung  apabila melakukan browsing di internet.

·      Menjaga privacy saat browsing di internet.

·      Mentaati  hukum-hukum  yang  berlaku  dan etika berperilaku di dunia maya.

Pengaruh Cybercrime dalam Perkembangan Teknologi Informasi

Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang cukup pesat sekarang ini sudah menjadi realita sehari-hari bahkan merupakan tuntutan masyarakat yang tidak dapat ditawar lagi. Tujuan utama perkembangan iptek adalah perubahan kehidupan masa depan manusia yang lebih baik, mudah, murah, cepat dan aman. Perkembangan iptek, terutama teknologi informasi seperti internet sangat menunjang setiap orang mencapai tujuan hidupnya dalam waktu singkat, baik legal maupun illegal dengan menghalalkan segala cara karena ingin memperoleh keuntungan secara “potong kompas”. Dampak buruk dari perkembangan “dunia maya” ini tidak dapat dihindarkan dalam kehidupan masyarakat modern saat ini dan masa depan.

Globalisasi dunia melalui teknologi informasi yang berkembang sangat pesat. Dampak perkembangan teknologi informasi dirasa sangat berpengaruh terhadap pengaturan hukum. Betapa tidak dengan penggunaan teknologi informasi perilaku manusia secara nyata telah beralih dari model aktifitas yang didasarkan pada suatu bentuk hubungan face to face telah bergeser kepada pola hubungan digitally. Oleh karena adanya pergeseran demikian, maka tidak mengherankan dalam setiap aspek kehidupan manusia pun mulai menunjukan suatu fenomena baru. Hal ini salah satunya dapat dilihat pada upaya kreasi manusia yang berkaitan dengan bidang ilmu pengetahuan, seni dan sastra.

Adanya penyalahgunaan teknologi informasi yang merugikan kepentingan pihak lain sudah menjadi realitas sosial dalam kehidupan masyarakat moderen sebagai dampak dari pada kemajuan iptek yang tidak dapat dihindarkan lagi bagi bangsa-bangsa yang telah mengenal budaya teknologi. Teknologi telah menjadi bagian yang tidak terpisahkan dari kehidupan umat manusia dalam dunia yang semakin “sempit” ini. Semua ini dapat dipahami, karena teknologi memegang peran amat penting di dalam kemajuan suatu bangsa dan negara di dalam percaturan masyarakat internasional yang saat ini semakin global, kompetitif dan komparatif. Bangsa dan negara yang menguasai teknologi tinggi berarti akan menguasai “dunia”, baik secara ekonomi, politik, budaya, hukum internasional maupun teknologi persenjataan militer untuk pertahanan dan keamanan negara bahkan kebutuhan intelijen.

Munculnya revolusi teknologi informasi dewasa ini dan masa depan tidak hanya membawa dampak pada perkembangan teknologi itu sendiri, akan tetapi juga akan mempengaruhi aspek kehidupan lain seperti agama, kebudayaan, sosial, politik, kehidupan pribadi, masyarakat bahkan bangsa dan negara. Jaringan informasi global atau internet saat ini telah menjadi salah satu sarana untuk melakukan kejahatan baik domestik maupun internasional. Internet menjadi medium bagi pelaku kejahatan untuk melakukan kejahatan dengan sifatnya yang mondial, internasional dan melampaui batas ataupun kedaulatan suatu negara. Semua ini menjadi motif dan modus operandi yang amat menarik bagi para penjahat digital. Manifestasi kejahatan mayantara yang terjadi selama ini dapat muncul dalam berbagai macam bentuk atau varian yang amat merugikan bagi kehidupan masyarakat ataupun kepentingan suatu bangsa dan negara pada hubungan internasional.

Kejahatan mayantara dewasa ini mengalami perkembangan pesat tanpa mengenal batas wilayah negara lagi (borderless state), karena kemajuan teknologi yang digunakan para pelaku cukup canggih dalam aksi kejahatannya. Para hacker dan cracker bisa melakukannya lewat lintas negara bahkan di negara-negara berkembang aparat penegak hukum, khususnya kepolisian tidak mampu untuk menangkal dan menanggulangi disebabkan keterbatasan sumber daya manusia, sarana dan prasarana teknologi yang dimiliki.

Namun perkembangan teknologi digital tidak akan dapat dihentikan oleh siapapun, karena telah menjadi “kebutuhan pokok” manusia moderen yang cenderung pada kemajuan dengan mempermudah kehidupan masyarakat melalui komunikasi dan memperoleh informasi baru. Dampak buruk teknologi menjadi pekerjaan rumah bersama yang merupakan sisi gelap dari perkembangan teknologi yang harus ditanggulangi. Mengingat kemajuan teknologi telah merambah ke pelosok dunia, termasuk kepedesaan di Indonesia, maka dampak buruk teknologi yang menjadi kejahatan mayantara pada masa depan harus ditanggulangi dengan lebih hati-hati, baik melalui sarana penal maupun non penal agar tidak menjadi masalah kejahatan besar bagi bangsa dan negara yang mengalami krisis ekonomi.

Bioinformatika

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.
Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.

Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.

Referensi :

http://bioinformatika-q.blogspot.com/

http://www.csbioinformatika.us/2013/05/pengertian-bioinformatika.html